历了丰海岛海战、黄海海战，北洋水师广甲、广乙、远、来远、超勇、扬威、平远八艘战舰被击沉或自沉。此时威海港内，只余镇远、济远、广丙、靖远、镜清、寰泰5战舰以及21艘辅助舰船。“难能可贵”的是，济远号连续经历两场海战，竟然只受轻伤。管带方伯谦在丰海岛海战后，恬不知耻的上书李鸿章：“于牙山接仗时鏖战甚久，寡不敌众仍炮伤敌船。”妄图把王国成等水手的功劳变成自己的。随后丁汝昌致电李鸿章：“方伯谦牙山之役敌炮开时躲入舱内，仅大二副在天桥上站立，请令开炮，尚迟不发，此间中西人传为笑谈，流言布满都下”，这才让李鸿章下令嘉奖击伤吉野的王国成、李仕茂一千两白银。在黄海海战中，方伯谦再次退避，僚舰广甲随逃（后搁浅自沉）。济远、广甲两舰自行溃退，不仅给军心造成极大打击，而且扯乱了整个北洋舰队阵型。此次方伯谦的借口是：“船头裂漏水，炮均不能施放，驶回修理，余船仍在交战”。不过这次李鸿章没在听信他的，下令海战第二日将其斩首。
黄海一役中，曾经傲视亚洲的北洋水师遭到重创，军中人心惶惶、士气低迷。为了鼓舞将士，北洋水师提督丁汝昌数次向李鸿章建议，要求带水师出海探巡，无奈被李鸿章一一驳回。对于北洋海军的实力，李鸿章的估计还算比较客观，他认为，中国海军弱于日本。早在黄海海战前，当丁汝昌请求带海军主力出海探巡时。李鸿章便说：“此不过摆架子耳！”并反问丁：“人皆谓我海军弱，汝自问不弱否？”如何判定海军的强弱？李鸿章特别强调军舰的航速，他说；“海上交战，能否趋避，应以船行之迟速为准。速率快者，胜则易于追逐，败亦便于引避。若迟速悬殊，则利钝立判。”由于“快船不敌”，便得出了“海上交锋，恐非胜算”地结论。李鸿章看到了北洋海军本身的弱点。有其面对现实的正确一面。但是，以弱胜强亦是兵家常事，问题是要制定一套行之有效的克敌制胜的作战方针。而李鸿章却提出了一条“保船制敌”的消极防御方针。北洋舰队每次出海游巡前，他总是指示丁汝昌。须相机进退”，“速去速回，保全坚船为要”。并警告丁：要对坚船“担保必无他虞”；否则，“致有意外疏失，定惟水师是问！”这样极大地束缚了海军的手脚，使其处于单纯防御的被动挨打的境地。李鸿章的“保船制敌”之策，实际上是用虚张声势来吓唬敌人地办法。根据他本人的解释。其办法是：舰队“惟不必定与拚击，但令游弋渤海内外。作猛虎在山之势，倭尚畏我铁舰，不敢轻与争锋。”他甚至相信：“一月内必须往来两次，则我局势稍固矣。”不久，他也感到这个办法不灵，深“恐日本大队船尾追入北洋”，所以又告诉丁汝昌“此后海军大队必不远出”。这样一来，连“猛虎在山之势”也谈不上了。黄海海战后，李鸿章更是信心全无，自称：“以北洋一隅之力。搏倭人全国之师，自知不逮。”因此，他又提出：“海军快船、快炮太少，仅足守口。实难从令海战。”并指示丁汝昌：“有警时，丁提督应率船出傍台炮线内合击，不得出大洋浪战。致有损失。”明确地表示要避战保船。
李鸿章的保船之策，正合日本人的心意，因为北洋舰队龟缩威海港，他们正好能够源源不断的将陆军运抵朝鲜，从容的布置兵力。黄海海战后，日本联合舰队集结南下，数次对威海进行试探性攻击。虽然没有占得什么便宜，不过北洋舰队也被堵在港内无法出海，如今整个渤海、黄海已经没有了中**舰的身影。定远号管带李爽见此情形，只得上书朝廷：“倭寇阻塞，定远难以进港助战，暂避南通候命。”这一避就是一个月。与中**队的被动不同，从1894年9月中旬至十月中旬，在联合舰队的护卫下，日本第一军30000全部在朝鲜登陆，并且迅速向鸭绿江南岸的义州集结。十月中旬，日军两个师团已经与中国丹东、九连城、虎山一带地驻军隔江而望。此时，驻扎在鸭绿江北岸的清军，除了从平壤败退回国地淮系四军，还45营奉天、黑龙江驻军，:30400。单从兵力上看，双方旗鼓相当，不过清军新败，而日军却胁胜利之威而来，士气可谓天壤之别。另外，这些守军里派系繁杂，有淮军、奉天留都守军、黑龙江守军等等，各处军队编制不一，战法不同，将领之间也缺乏协同。为了便于部队管理，朝廷下令“除依克唐阿一军外，所有北洋派赴朝鲜各军及奉省派往东边各营，均归宋庆节制。”依克唐阿是满洲镶黄旗人，官至黑龙江将军，他手下部队很大一部分是满人，可见朝廷还是难以接受汉人来指挥满人军队。这种愚蠢的决定，让军队里同时有两个主帅，加上原来宋庆与淮系其他三军的主帅又是平级，谁也不服谁，战事生乱已经埋下伏笔。
从九月中旬到十月中旬，北洋水师的官兵每天躲在军港里听着港外炮声隆隆，积蓄已久的情绪终于爆发，他们再次联名要求出海应战。针对北洋舰队的状况，李鸿章拟采取一些补救措施。第一个措施，是任命洋员马格禄帮办北洋海军提督（总参谋长），试图“以洋人之战技压服兵勇”。马格禄是英国人，本为拖船船长，在天津大沽间驾驶拖船，对海军战守一窍不通，更谈不上什么“战技”。此人嗜酒如命，终日沉溺于醉乡，以酒徒而闻名。李鸿章轻信了德璀琳的举荐，委任他帮办北洋海军提督。对此，马格禄的同事英国人泰莱评论说：“以斯人而当斯任。实乃可悲之蠢事。”第二个措施，是奏调南洋水师主力舰只到北洋助战。
自中日开战以来，全国各省几乎都有北调参战之士卒，其中还包括四川的部队，就连张之洞都得到圣旨，要求他整编驻鄂练军，随时北上应战。张之洞自从与袁世凯“交好”以来，在武昌大兴钢铁冶炼、军工制造等洋务项目，旗下5000“自强军”是步枪）、编制与袁世凯的新军一致。不过自强军再强，也难敌两江新军。在全国抗日地时候，唯独拥兵6的袁世凯没有得到任何指示，战争初期有人向光绪建议“调南洋数舰到北洋听差，以壮声势。”，光绪竟然毫不犹豫的驳回。其实袁世凯没有得到圣旨，已经在他的预料之中，其中原因有二。其一，战争初期，李鸿章以及光绪对淮军地战斗力过于相信。他们同时也相信“北洋可守一隅”。时有李鸿章上奏曰：“派赴平壤各军，皆系鸿旧部。练习西洋新式枪炮多年，战力颇强。”在海军方面，李鸿章虽然判断北洋水师不是日本人的对手，不过一来他一直与袁世凯紧张，因此
调用刘铭传的福建水师，二来他也曾对手下说过：“可一战”显然他还是对北洋水师获胜抱有一丝希望地。第二个原因，那就是光绪与李鸿章都已经开始防备袁世凯。由于袁世凯曾经挫败法**队，而后又在两江广施新政，军功、政绩卓着，民间声望已是如日中天。在两江。袁世凯被百姓称为青天，甚至连李鸿章老家安徽都有“青天一来喜鹊啼，李家一来刮地皮”的民谣（李鸿章家族在安徽占地无数，传闻有千倾之多）。现在两江军队有多强。谁也不好判断，主要是因为没有战争进行检验。若是袁世凯此役再败日本人，恐怕其威望就要高过李鸿章。甚至还会直逼光绪，因此李鸿章以及光绪都暗自防备，不愿让袁世凯参战。
当黄海战败、平壤失陷的消息传来，稚嫩地光绪还没有意识道问题的严重性，他依然觉得日军不可能打过鸭绿江，而且北洋水师还有余地。不过李鸿章却已经感觉到了危机，此时北方陆军基本集中在辽沈，如果再败，那么日军就将长驱直入；而北洋被压得不敢出战，京畿门户大开，日本人随时有可能在沿海登陆——这两处可都是他李鸿章的部队在防守，一旦有失全是他个人的过错！为了找个人为自己分担，李鸿章一咬牙，上奏要求袁世凯的陆海军北上参战，无奈光绪数次拒绝。走投无路下，李鸿章只好通过盛宣怀向翁同龢呼吁，请旨电饬南洋“暂调南琛、南瑞、开济、镇海四船至威，旅帮助守护，暂听北洋差遣，以济眉急”。龢开济、镇海四船迅速北来助剿”。不过调动南洋水师的电文还未下，刘永福就接到了一份调动令……
两江总督府。
刘永福进门道：“卑职见过中堂大人！”
袁世凯笑道：“起来吧！你可收到朝廷电文？”
刘永福道：“电文已经收到，不过卑职还是不太明白，中堂大人为何要卑职到台湾助战？”
虽然这段时间两江的海陆军数次请命出战，不过都被袁世凯一一否决，他唯独对刘永福赴台湾增援一事非常热心。此时署理台湾巡抚的是唐景，当时刘永福在越南抗法地时候，就是这位仁兄前去“招安”的。可以说刘永福与唐景私交很好，而且由他保荐，比袁世凯自己去申请有效得多。在袁世凯地授意下，刘永福多次写信给唐景，表达与他共守台湾之意。收到刘永福的书信，正为台湾没有能战之士发愁的唐景欣然同意，并上书朝廷，借调刘永福与黑旗精锐赴台，帮办军务。黑旗军赴台，可以说是削弱袁世凯兵力的一个机会，于是光绪马上应允，并电令刘永福：“选派精锐，帮办台湾军务。”
听刘永福发问，袁世凯道：“刘大人，虽然台湾现在暂无战事，不过不久后，那里将恶战连连，你要有心里准备！”
“是！那卑职带多少兵勇合适？”
袁世凯道：“人数不要太多，在你四师里选一个擅长山地作战的营，再加上一个特务连，1200人足矣。除了迫击炮和轻机枪，其他重器都不需要。另外，我会派一艘运船秘密给你运送一批弹药到台南囤积，今后作为你的秘密军火库，那里会有人联络你。”
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刘铭传一头雾水的道：“请恕卑职愚钝……”
袁世凯笑道：“现在你不要问，等到了台湾，你一边和唐景合作，一边派人在台南发展实力。最好是跟唐景申请去守备台南，在那里打下良好的民众基础，多联络一些民间志士。如果有一天，日本人占领台湾……”