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在22世纪，联邦的主要对手是罗慕伦帝国，而到了23世纪联邦的主要对手则成了克林贡帝国。

克林贡帝国与联邦第一次的接触发生在2218年，这一次接触很不愉快，此次不幸的事件导致两国敌对达近一个世纪之久。2237年克林贡与联邦的交涉几近破裂。克林贡帝国向联邦发出最后通牒，若联邦不从双方皆宣称为自己领域的地区撤退，克林贡将对联邦宣战，两国从而开始了武装对峙状态。

一切便从此开始。

面对很有可能爆发的战争，一部分人开始积极备战。这些人中，以联邦星际舰队亚历山大·马库斯上将最为积极。

瓦肯人的母星瓦肯星，被来自未来的罗姆兰帝国的采矿船纳兰达号船长尼禄，运用一个世纪后的未来武器所摧毁，这导致瓦肯全球60多亿人死亡，只有1000多人幸存。在瓦肯星被毁后，联邦星际舰队加大了对太空中遥远星区的探索，亚历山大·马库斯上将的心腹手下发现了一艘漂浮在太空的古旧飞船，飞船内有着数十个在冰冻仓中低温休眠的人类，其中有七十三人存活。

亚历山大·马库斯上将有着31区作为后盾，这是一个不被官方承认，类似于秘密警察组织的情报与防卫组织。亚历山大·马库斯上将很快就知晓了这些人的来历，这些人是基因改造人，源自三百年前地球爆发的优生战争。

优生战争（EugenicsWars）是1992年至1996年在地球发生的一系列战争。科学家为了改良人类通过优生和基因改造等方法，制造出了一批‘超人’，他们拥有更好的身体素质和更高的智能，可随之而来的还有更大的野心。

当时世界上大部分地区都被基因改造人统治着，所有基因改造人中最著名的则是可汗·努尼恩·辛格，他统治着全世界四分之一的领土。因为这些‘超人’的统治。使得非基因改造人的地位十分低下。后来由于非基因改造人的反抗而引起了世界大战，最终导致基因改造人的独裁政权被推翻。而可汗等八十个基因改造人逃过了制裁，自我流放到了外太空。当时新政府由于害怕可汗消失的消息引起恐慌，就对公众隐瞒了这个事实。此后基因改造技术被禁止。

马库斯上将发现一切后。决定唤醒了可汗，利用这个全面超越人类的基因改造人，推进他的联邦星际舰队军事化大业。在亚历山大·马库斯看来，现今的联邦人民实在是太安逸了，无法扛起战争。要对付野蛮的克林贡帝国。亚历山大·马库斯需要一个同样野蛮的、残忍的、野性的、战士的头脑来辅助，而基因改造人可汗·努尼恩·辛格则满足所有的要求，这些高智商的强横基因改造人就是为战争而生的，他们的体魄、他们的思维、他们的一切皆是为了战争服务。

利用活着的七十二个基因改造人，这些可汗·努尼恩·辛格仅存的族人，亚历山大·马库斯与可汗达成了协议。在人质的威胁下，可汗·努尼恩·辛格迅速适应这个时代，迅速的学习新世界的科技、规则，来为31区设计武器和战舰，来帮助亚历山大·马库斯实现联邦星际舰队军事化的愿望。