骸骨城军队在崖山部署防御，将战舰用绳索连接，一字摆开，进行顽强抵抗。
爱丽丝到达崖山后，首先切断了骸骨城军水源，然后乘风纵火焚烧骸骨城军队的船，但因骸骨城军队的船上都涂满了泥土，并缚以长木，爱丽丝军火船难以接近，进攻未能奏效。
6月6日拂晓，开始了新一轮决定胜负的崖山海战。
爱丽丝军舰队分四路围攻骸骨城的海上堡垒，激战到中午，还未见分晓。
下午爱丽丝军终于突破海上堡垒，骸骨城军仍然进行顽强抵抗。
黄昏时分，雷声隆隆，海风呼啸，大雾弥漫，伸手不见五指。骸骨城军疲惫不堪，在此恶劣天气条件下，无力突围，又外无救援，军心涣散，骸骨城将陆秀夫投海身亡，骸骨城军彻底崩溃。骸骨城大将张杰见大势已去，败局已定，便亲率10多艘船只强行突围，不巧途中又遇台风，结果船沉人亡。
崖山一战，骸骨城水军全军覆没，骸骨城水军也彻底灭亡。
其实，北冥玉的军队一直是以步兵为主，根据后世记载介绍，北冥玉军队的步兵头戴一顶软帽，身穿色彩鲜艳，做工考究的宽袖长袍和长裤。
北冥玉军队步兵方阵相当特别，这种方阵一般是十行纵深，每一个纵列代表一个基本战术单位”十人队”，队长站在最前列，装备一面长方形盾牌，和一支约两米的长矛，上身披轻便的鳞片甲；他身后的九名步兵，每人装备一副弓箭和一柄弯刀，一般不被甲。
战斗时队长负责抵挡敌人步骑兵的冲击，而身后的九名弓箭手以密集的齐射杀伤敌军，其中只有第二排的弓箭手能够从队长的身旁直射敌人，后面的八人则是对空放箭，射角由前到后逐渐抬高至45度，这样在阵前三百米以内构成弓箭的火力覆盖。当敌人被北冥玉士兵的箭雨大量杀伤，溃不成军之时，北冥玉军队步兵就开始冲锋，他们将弓收入箭囊，拔出弯刀，冲入敌阵近身格斗。
北冥玉士兵的弓箭齐射时遮天蔽日，对敌军有相当强的威摄力。温泉关战役时，北冥玉手下最勇猛的将领虎鲨面对波斯军队的弓箭齐射风趣地说：”越国人放的箭遮住了太阳，正好让我们在阴凉下作战。”
此时神州大地游牧民族独有的组合反曲弓在北冥军中只有少量装备，大部分士兵还是使用普通的直木弓。北冥玉军队的士兵的箭用一种三棱宽刃箭镞，青铜质地，带倒钩，杀伤力强大，但穿透力不足；这在对任何一个陆地战争中被证明是一个致命的弱点，因为北冥玉军队士兵的箭雨不能对大国家的重装步兵构成足够的威胁。
这个时候的北冥玉的骑兵主要是轻骑兵，只有将领被甲，他们的装备是一副弓箭和一柄长刀。
神州大地骑兵借鉴游牧民族的游击战术，主要依靠弓箭杀伤敌人，战斗时北冥玉的骑兵一般会迂回到敌人的侧后方发起攻击，等到敌军阵形散乱时才会排成密集队形冲击敌人。
那一大队人马仿佛变成了一个怪物，并且只有一条心。每个分队都蜿蜒伸缩，有如腔肠动物的环节。我们可以随时从浓烟的缝隙中发现他们。无数的铁盔、吼声、白刃，还有马尻在炮声和鼓乐声中的奔腾，声势猛烈而秩序井然，显露在上层的便是龙鳞般的胸甲。
这里是在陆地上攻占的情况，而在海面上的战斗却也是如火如荼的进行着。。。
战斗开始了。海面上布满了烟和火。炮弹落到海里激起的水花到处散开来洒在浪头上。北冥玉送给爱丽丝的寒夜号开始向那十几只敌舰喷出火焰。成半圆形包围着寒夜号的整个舰队所有的炮台全部开火。
水和天相接的地方燃起一片火光。仿佛海里喷出了一座火山。这一大片红色火光被风吹得东歪西倒，那些巡洋舰象鬼影似的在里面时隐时现。这一边，寒夜号的黑色骨架在这红色背景上很鲜明地显现出来。
在攻城的最初的一刹那间是可怕的。没有什么比一群惊惶失措的群众更可怜的了。他们抢着去拿武器。他们叫喊着，奔跑着，有许多倒了下来。
这些被袭击的坚强汉子不知道自己在做些什么，他们自己互相枪击。有些吓昏了的人从屋子里跑出来，又跑进屋子，又跑出来，不知所措地在战斗中乱窜。
一家人在互相呼喊。这是一场悲渗的战斗，连妇女和小孩也卷在里面。呼啸着的炮弹拖着长长的光芒划破黑暗。枪弹从每个黑暗的角落里放射出来。到处都是浓烟和纷乱。辎重车和炮车纠缠在一起，更加重了纷乱的程度。马儿也惊跳起来。人们践踏在受伤的人身上。地下到处是呻吟声。这些人惊惶，那些人吓昏了。兵土和军官互相找寻。在这一切中，有些人还抱着阴沉的冷漠态度。
这时候，江面风力逐渐减弱，骸骨城水师开始了猛烈的反击。在海鳅船上踏车的都是初临战阵的民工。他们毫无惧色，十分勇敢。
士兵和民工们都说：“我们只有齐心协力，才能消灭敌人，求得生存！”骸骨城海鳅船冲入北冥军船队，同北冥军展开激战。海鳅船船体大，装有踏轮，速度比较快。
北冥军的大部分战船船体小，速度又比较慢，大部分被骸骨城的海鳅船撞沉了，半渡的北冥兵大半死在江中。
爱丽丝并不甘心失败。他把其余的船只重新集结起来，准备再次发动进攻。
黄昏以后，有一队骸骨城水军从别处撤退下来，路过采石，虞允文叫他们打着旗，擂起鼓，从山后绕到江边。
=爱丽丝以为是骸骨城军队援兵来到，不敢再战，慌忙命令自己军队往后撤退，舍舟登岸。
虞允文命令强弩手乘胜追射，把北冥军杀得大败。
爱丽丝只能率领残兵败将，仍旧退回到自己的大本营。