就在菲律宾宣布建国之后的第二周，已经接收完各地政权的菲律宾国防军和jing察部队，就在菲律宾各地开始了清扫行动，那些大家族和富商们被从家中、种植园中抓捕出来，押送到最近的城市里，在当地人的眼皮底下，被就地枪决，而且菲律宾新zheng fu还发布的zheng fu令，鼓励群众去揭发检举那些在美国占领时期，做过一些对不起菲律宾人民事情的菲律宾本地人。

这下，整个吕宋岛上都热闹起来，不管是真是假，是公还是私，反正是有人检举，就回有军队和jing察来核实，只要你说不清楚或者拿不出证据，那么等待你的就是抄家和枪毙，这个运动整整持续了3个月，直到菲律宾总统费尔南多.冈萨雷斯宣布了特赦令，才算最终停止，不过这时候的吕宋岛上，已经是人人惶恐，家家担心了，而且这3个多月的大清洗行动造成的人员伤亡更是大的不得了，光是被抄家枪毙的人数就达到了30多万人，那些逃跑、自杀的人数更是多的无法计算，到了1914年，吕宋岛上的人口只剩下了不到200万人。

随着总统特赦令的下达，菲律宾人尤其是生活在吕宋岛上的菲律宾人终于可以送一口气了，不用在担心哪天睡着睡着觉，就会被军队从家中拖出去，当街枪毙了。但是，老百姓暂时安全了，菲律宾军队和zheng fu中却又开始搞运动了，和国内的大清洗运动一样，菲律宾军队中也开始了大清洗运动，这次从上到下发起的运动名义上是为了巩固菲律宾新政权，其实和民间的大清洗运动一样，也是内务部策划的针对那些菲律宾本地士兵和将领的一次屠杀。

在这次军队的清洗活动中，大批以前的游击队领导人和士兵都被认定为意志不坚定份子和通敌份子遭到枪毙，而借着这次清洗活动，菲律宾军队中那些和内务部特工意见不合的将领也都被找个借口处决，而侥幸逃过这次大清洗的那些菲律宾本地士兵和将领，都纷纷选择了退役，跑回家里当上了农民。

经过了近半年的折腾，内务部终于成功的把这次菲律宾du li战争的果实捞到了自己手中，现在的菲律宾zheng fu里，除了费尔南多.冈萨雷斯这位早期就加入了内务部成为特工的菲律宾总统外，其各个部门的主要官员，也都是由像他们总统一样的投降份子担任，而菲律宾国防军里的情况比zheng fu中还要糟糕，大批的台湾将领和中下层军官把菲律宾国防军牢牢的把持在手中，而那些菲律宾本地军官，要不就是比较听话的人，要不就是被吸收进了由费尔南多.冈萨雷斯总统成立的菲律宾zi you党，反正你只要不拥护新总统，敢于提出不同意见，那么等着你的就是各种罪名，然后就是一枪。

菲律宾新zheng fu完成了民间和军队的大清洗之后，立刻就向台湾zheng fu发出了谈判请求，要求双方就驻军问题、经济援助问题做进一步协商。

台湾zheng fu立刻表示接受菲方的邀请，将不ri派遣代表团前往马尼拉做访问。于是，早就准备好了的台湾代表团一行很快就抵达了菲律宾首都马尼拉，并与费尔南多.冈萨雷斯zheng fu进行了友好的协商，最后签署了一份名为“台菲合作协议”的东西，在这份协议中，台湾将在未来5年中，共无偿援助菲律宾zheng fu5000万鸥元，并派遣工程人员，来帮助菲方修建公路、铁路、矿山和工厂，而这些基础设施都将作为公司的资产，由台方占70%的权益，菲律宾zheng fu占30%的权益。

另外，棉兰老岛被划为特区，主权不变，还是菲律宾领土，不过由台湾zheng fu以租借的形式占有，租期为99年。

最后还有一个内容，那就是台湾必须先帮助菲律宾zheng fu赈灾，因为饥荒和瘟疫已经蔓延到了吕宋岛上。

这份协议一经公开，就立即引起了美国人的不各种羡慕、嫉妒、恨，他们折腾了十多年都没得到的好处，在他们刚刚撤走后的几个月里，就让台湾人拿到了。但是也就仅仅是不满了一下，因为一件更为惊人的事情，终于发生了。