除了这7个大型海军基地之外，联邦海军还拥有单独的3个潜艇基地，分别在吕宋省的圣安娜、安中省的岘港、爪哇岛的西冷港。其中岘港的潜艇基地主要是做教学和训练之用，因为联邦的海军学院已经从基隆搬到了岘港。

另外，联邦海军还拥有5座大型海军造船厂，台湾的基隆船厂（还未搬迁）、金兰湾的金兰造船厂、马尼拉造船厂、新加坡造船厂和巨港造船厂。基隆船厂由于正在建造一艘星君级飞机母舰，所以搬迁的日期要延后1年，而它最后的厂址将选择在达沃港。在这5座造船厂中，基隆船厂、金兰造船厂和新加坡造船厂都配有大型船台和干船坞，可以建造5万吨级以下的大型战舰，而马尼拉和巨港船厂主要以小型水面舰艇和潜艇的建造为主。

在1923年之前，联邦海军将拥有4艘天王级飞机母舰和2艘星君级飞机母舰，8艘洲级重巡，40艘基隆级改装型驱逐舰，40艘海燕级鱼雷快艇，150艘各型潜艇，总人数超过了30000人。除此之外，海军航空兵的数量也将达到3000人，总共拥有500架舰载飞机和水上侦察机。再加上各种维护保养人员、基地警卫人员和在校的海军学员和海军航空兵学员，联邦海军的规模已经超过了15万人。

为了方便指挥和明确各自的任务，联邦国防部与海军部把联邦海军划分成了4支舰队和4个部门。

印度洋舰队，所辖2艘飞机母舰编队，3艘重巡，15艘驱逐舰，15艘鱼雷快艇，45艘潜艇以及部分辅助船只，主要基地是苏门答腊省的班达齐亚海军基地和爪哇岛的西冷潜艇基地。这支舰队的主要防御方向是西北、西和西南部，作战对象为英国及英属印度，它的控制范围包括了孟加拉湾、印度洋直至澳大利亚西部海域，监视范围增加到阿拉伯海和红海。主要以日常巡逻、作战训练、海底环境测绘为主。

太平洋舰队，所辖2艘飞机母舰编队，3艘重巡，10艘驱逐舰，10艘鱼雷快艇，45艘潜艇以及部分辅助船只，主要基地是吕宋省的巴莱尔港、三宝颜省的达沃港以及吕宋省的圣安娜潜艇基地。这只舰队主要的防御方向是东北、东、东南部，作战对象是太平洋方向的日本以及美国，它的控制范围包括了台湾以东、日本以南、澳大利亚以北的北太平洋区域，其中美国海军的关岛港时重点监视对象。主要以日常巡逻、作战训练、重点监视、海底环境测绘为主。

本土舰队，所辖2艘飞机母舰编队，1艘重巡，10艘驱逐舰，10艘鱼雷快艇，50艘潜艇以及部分辅助船只，主要基地是东帝汶岛上的帝力港和新几内亚岛上费尔法克斯港，由于这两处港口还为完工，本土舰队临时驻扎在加里曼丹岛的巴厘巴板港内。这支舰队的主要防御方向是南部，主要作战对象是澳大利亚和新西兰两国。它的控制范围包括了爪哇海、班达海、阿拉弗拉海、帝汶海、俾斯麦海、珊瑚海、所罗门海以及澳大利亚北部沿海。主要以日常巡逻，封锁多处海峡、监视澳大利亚北部港口、作战训练、海底环境测绘为主。

海峡舰队，所辖1艘重型巡洋舰，10艘驱逐舰，5艘鱼雷艇，10艘潜艇以及部分炮艇和辅助船只，主要基地是安中省金兰湾和加里曼丹省的巴厘巴板港。这只舰队主要的防御方向是北部，控制范围包括了北部湾、泰国湾、苏禄海、西里伯斯海、马六甲海峡。主要以日常巡逻、监控周边国家、维护航道安全、作战训练为主。