接到这封迟来的电报之后，第一进攻舰队司令也无可奈何，美国航母编队已经走了好几个小时了，现在追肯定是追不上了。珍珠港发生的事情美国海军肯定通知了那2艘航母，估计它们回来的可能性也不大，不过也不能大意，还得继续派侦察机和潜艇严密监视附近海域，以防不测。

和第一攻击舰队司令官判断的一样，2艘美国航母在接到珍珠港基地发来的遇袭电报之后，立即提高了航速，向圣迭戈港方向猛跑，这到不是因为这两艘航母的舰长怕死不敢回去袭击联邦海军，而是它们的航母上除了10多架战斗机之外，全是空的，它们的任务就是去接收新来的舰载机，根本就没有作战准备，回去也是白送。

7点10分，第二攻击舰队也按期抵达了位置，它们在离第一攻击舰队北侧30海里的地方开始展开，并在7点30分放出了第一批240架攻击机，再次向珍珠港发起空袭。这一波空袭的主要目标不再是美国太平洋舰队的军舰，而是岛上的各种防御工事和军事设施，比如军营、弹药库、指挥所等，对于油料仓库和港口码头，不仅不是空袭的重点，还要加以保护，因为联邦的登陆部队将在下午抵达，在攻占了这座港口之后，那些设施留着还有用。

第三波空袭对于珍珠港的美军来说就一点隐蔽性都没了，当它们飞到距岛几十公里范围的时候。就已经被美军的雷达站发现了。残存的地面防空炮、驱逐舰上的防空武器和十几架美国陆军航空兵的战斗机成为了珍珠港最后的防空力量。在明知道这是以卵击石的情况下，美国海军还是表现出来了勇猛的作风，他们使用了一切可以使用的武器向天空上的联邦攻击机开火，甚至在几艘坐沉的战列舰上，还有很多美国水兵在利用上面的防空炮。

虽然这些防空火力给第三波空袭的攻击机群造成了一些伤害和损失，但是天上的飞机太多了，在没有统一指挥的情况下，零星的防空力量起不到很大作用，还暴露了它们的位置。随着一架架攻击机在高she炮阵地、高she机枪阵地、残存的驱逐舰和巡洋舰上面掠过，航空炸弹最终摧毁了人类的意志。港区之内的枪炮声逐渐消失了。剩下的只是飞机的呼啸和炸弹的爆炸声。

第三波空袭已经不再是纯攻击机的编队了，按照3:1的比例，80架联邦战斗机和攻击机混在一起，那十几家美国的p-40在第一时间就被大群的联邦战斗机包围。双方几十架飞机在港区上空纠缠在一起。不时的有飞机拖着黑烟从高空跌落。把这场空袭点缀得更立体更丰富。

美国海军太平洋舰队司令部也在这次空袭中遭到了重点照顾，由于事先联邦特工已经把夏威夷包括美国西海岸的很多重点地区的情报都搜集得很细致，所以这座白色4层楼下有一个地下指挥掩体的消息也是瞒不住人的。十多枚500公斤级的航空炸弹被俯冲轰炸机从高空俯冲投下。一层又一层的掀开了地下掩体的表面，最终还是把这里变成了一个大坑。

虽然大部分美国海军将领都通过别的通道离开这个指挥所，但是整个珍珠港的指挥和通讯系统也就此中断，至少是美国海军已经被打垮了，那些驻守在瓦胡岛上的美国陆军还能撑多少时间，就得看美国海军会在多长时间之后来救他们了。

从9日的凌晨一直到傍晚，联邦海军航空兵一直对珍珠港、瓦胡岛、可爱岛、拉纳岛上的美军目标进行着空袭，不过空袭的方式不再是大机群行动，而是变成了十几架一波的小规模清除行动，由于美国海军和陆军航空兵的飞机都损失殆尽，联邦海军的侦察机可以长时间的停留在目标上空，指挥空袭的飞机向可疑地点发起攻击。

晚上18点，联邦的第三只舰队也安全抵达了夏威夷岛西侧，然后进入了2支攻击舰队的警戒圈，三支庞大的舰队合成了一支更庞大的舰队，然后慢慢的开始向瓦胡岛靠近，并最终停在距离瓦胡岛以西100公里的海面上，开始为第二天的登陆行动做准备。