福建郑家陆军的整编进行的非常顺利，因为郑家大部分军队聚集在泉州安平一代，陆军先是奉郑芝龙之命投降了满清，然后在崇明军大败阿济格攻打泉州时又反正举义，被任思齐以隆武帝的名义把大部分将领都软禁了起来。郑芝龙已死，郑鸿魁、施福、郑芝豹等将领又被抓，十余万军队群龙无首，被轻而易举的收编。

军队归根到底打着的是大明的旗帜，虽然吃的是郑家的饷银，可除了少数一小撮大部分人还是承认隆武朝廷，被改编时除了少部分人试图抵抗，其他人慑于崇明军大败八旗兵之威，根本兴不起反抗的念头。再加上任思齐慷他人之慨，拿着缴获的银子大量发饷银，大部分郑家嫡系将领被抓又空缺出了无数个职位，任思齐从中低级军官中提拔素有威望之人，填补郑家将领的空缺，然后又从士兵中提拔大量的人为低级军官，人人都有银子拿，又得到了难得的升官机会，谁还会去理会旧日的主人。

在整编的过程中，任思齐从崇明军中选出千余名的士兵军官，担任新军的核心，淘汰老弱共整编了八万新军，分为八镇，任命了沙千里、施琅等人为镇将。任思齐决定等回师南京之时，抽调其中的四镇去南京。任命陈名扬为福建总兵，统率剩下的四万新军，负责整编训练军队，镇守福建，等待时机攻略江西两广。

陆军的整编工作非常的顺利，可是郑家水师的整编就不是那么容易了，因为一个人在清兵攻打安平时逃了出去，逃到了厦门岛。这个人就是郑芝龙的儿子郑森。

郑森逃到厦门岛，投奔了驻扎在这里的郑彩，试图说服郑彩举兵抗清，好报安平被屠母亲受辱自尽之仇。可没想到形势变幻的太快，清兵竟然迅速的被崇明军击败，然后崇明军占领了福州厦门。

当任思齐假借隆武帝的名义发圣旨到岛上，命令郑彩郑森到福州觐见隆武帝时，郑森说服了郑彩不要去，而是应该先看看形势再说。形势很明显，听命令往福州的郑家嫡系将领都被软禁，绝大部分军队都控制在了任思齐的手中。虽然任思齐并没有下令杀掉被软禁的郑鸿魁施福等人，可郑彩郑森也知道大事不妙。

可是他二人现在掌控的仅仅是数百艘战船三四万水军，实力如何能和占据了整个福建的崇明军相比，别的不说，若是崇明军卡断了粮食供应，不出半月数万大军将无粮食可吃。所以当任思齐派人来到岛上，再次邀请二人往福州并保证二人的安全的时候，郑彩动摇了，与其以卵击石，不如拿着手中的船队人马和任思齐讨价还价，好换个高官做做，凭借十多年来积攒的数百万两的身家，逍遥一世岂不美哉！

谁料还未等郑彩美梦成真，郑森突然暴起发动，率数百军队直闯郑彩的中军，斩杀了郑彩，接管了整个水师。郑森是郑芝龙的长子，是郑家势力名正言顺的继承人，郑彩既死他手下的军队也都顺理成章归顺了郑森。

接掌了厦门岛的水师之后，郑森当即带兵攻打金门，金门岛本是郑鸿魁的地盘，郑鸿魁已经应隆武帝的圣旨往福州去了，群龙无首之下金门轻易被郑森突破，除了少部分船只逃亡泉州以外，大部分船只水兵都归降了郑森。

占据了金厦两岛之后，郑森几乎掌控了郑芝龙大半的水军，声威大震，开始派兵四下登陆，抢夺粮食物质。

隆武三年（1647年）元月，茅十八奉命率领崇明军主力舰队百艘三桅帆船到达泉州，开始了对郑森水师的围剿。两只水师先是战于泉州城外海面，郑森部二百艘船只被击沉三十多艘，剩下的往南逃回厦门。